ZCMS提供了全面的应用层安全机制，对主要的威胁网站安全的问题进行了系统的处理。ZCMS基于ZCF（泽元通用技术框架）构建，在ZCF中大部分数据库操作都是基于ORM的，没有SQL注入的可能。少部分非ORM的SQL语句也全部是基于QueryBuilder机制的，QueryBuilder要求所有的SQL条件都是基于参数的，不允许直接将字符串拼接到SQL语句中。

　　ZCMS通过严格的参数检查机制，对XSS进行了周密的防范。任何传递给服务器的HTTP请求（无论是get还是post请求），请求中的参数默认只允许字母、数字、下划线等无危害字符，不允许有单引号和双引号等特殊字符，如果参数中有特殊字符，则ZCMS自动拦截请求并重定向到错误页面。如果页面确实需要接受含有特殊字符的参数，则相应的后台方法需要使用 @Verify 注解作特别声明，并在方法中检查参数是否合法或进行HTML转义存储。

　　ZCMS使用了基于Flash的上传控件，在文件上传前检查了文件的扩展名，只允许扩展名在指定的扩展名列表中的文件上传到服务器。同时在服务器后台在文件保存到磁盘之前也再次检查了文件扩展名，只有扩展名被允许的文件才会写入到磁盘。

　　除了防止未登录用户通过SQL注入、XSS、非法上传文件等方式破坏系统外，ZCMS还对合法登录用户的行为进行了严格的权限检查，以防止低权限用户非法越权进行高权限操作。